Kirkkoneuvosto on seurakunnan ylin päättäjä 

Tallinnan suomalainen seurakunta on ulkosuomalaisseurakunta, joka kuuluu Viron evankelis-luterilaiseen kirkkoon. Suomen evankelis-luterilainen kirkko lähettää seurakuntaan papin. 

Seurakunnan ylin päättävä elin on kirkkoneuvosto (kirikunõukogu), jonka seurakuntalaiset valitsevat seurakuntavaaleissa neljän vuoden välein. Äänioikeutettuja seurakuntavaaleissa ovat kaikki 18 vuotta täyttäneet, konfirmoidut ja jäsenmaksunsa maksaneet seurakunnan täysivaltaiset jäsenet.  

Kirkkoneuvosto valitsee johtokunnan (juhatus), joka tehtävänä on yhdessä kirkkoherran kanssa suunnitella seurakunnan toimintaa ja valmistella toiminta- ja taloussuunnitelman sekä tilinpäätös kirkkoneuvoston hyväksyttäväksi ja eteenpäin toimitettavaksi. Seurakunnan pappi kuuluu sekä kirkkoneuvostoon että johtokuntaan.