Kirkkoneuvosto on seurakunnan ylin päättäjä 

Tallinnan suomalainen seurakunta on ulkosuomalaisseurakunta, joka kuuluu Viron evankelis-luterilaiseen kirkkoon. Seurakunnan ylin päättävä elin on kirkkoneuvosto (vir. nõukogu), jonka seurakuntalaiset valitsevat seurakuntavaaleissa neljän vuoden välein. Äänioikeutettuja seurakuntavaaleissa ovat kaikki konfirmoidut ja jäsenmaksunsa maksaneet seurakunnan täysivaltaiset jäsenet.  

Kirkkoneuvosto valitsee johtokunnan (vir. juhatus), joka tehtävänä on yhdessä kirkkoherran kanssa suunnitella seurakunnan toimintaa ja valmistella toiminta- ja taloussuunnitelman sekä tilinpäätös kirkkoneuvoston hyväksyttäväksi ja eteenpäin toimitettavaksi. Kirkkoherra toimii seurakunnan toiminnanjohtajana ja kuuluu jäsenenä sekä kirkkoneuvostoon että johtokuntaan.